2007-ல் பாகிஸ்தான் சுற்றுப்பயணத்தின் போது முழங்காலில் காயம் ஏற்ப்பட்டது இருப்பினும் தோனி ப்ளேயிங் XI இல் இருந்தார் 2014 ஆம் ஆண்டில், தோனியின் வலது கட்டை விரலின் அடிப்பகுதியில் ஒரு முறிவு ஏற்பட்டது 2014 நவம்பர் மாதம் நடந்த அந்த ODI தொடரில் தோனி ஓய்வெடுக்க அறிவுறுத்தப்பட்டார் 2019 நியூசிலாந்தின் சுற்றுப்பயணத்தின் போது, தோனிக்கு தொடை வலி ஏற்பட்டது பின் தோனி உடனடியாக குணமடைந்து சீசன் முழுவதும் விளையாடினார் 41 வயதில், எம்எஸ் தோனி கடந்த ஆண்டு சிஎஸ்கே சார்பாக ஐந்தாவது ஐபிஎல் பட்டத்தை வென்றார் அந்த சீசனில், தோனி போட்டி முழுவதும் முழங்கால் காயத்துடன் போராடினார் என்று கூறப்படுகிறது 2024 சீசனில் MS தோனி முதல் முறையாக 9வது வீரராக களமிறங்கினார் காலில் ஏற்பட்ட தசை பாதிப்பினால், அவர் அந்த சூழலுக்கு தள்ளப்பட்டார்