வடகிழக்கு பருவமழை காரணமாக பெய்த தொடர் கன மழையின் காரணமாக வேலூர் கோட்டை அகழியில் வரலாறு காணாத வகையில் நிரம்பி நீர்மட்டம் உயர்ந்து உள்ளது. இதனால் கோட்டையினுள் உள்ள ஜலகண்டேஸ்வரர் கோவிலுக்குள் முழுவதுமாக அகழி தண்ணீர் புகுந்தது. கடந்த நவம்பர் 25 ஆம் தேதி அன்று வேலூர் மாவட்ட ஆட்சியர் குமாரவேல் பாண்டியன் கோட்டை கோவிலுக்கு நேரில் சென்று ஆய்வு மேற்கொண்டார். மேலும் கோவிலுக்குள் தேங்கியுள்ள மழை நீரை விரைந்து வெளியேற்றும் படி துறை அதிகாரிகளுக்கு உத்தவிட்டிருந்தார்.
வேலூர் கோட்டை ஜலகண்டேஷ்வரர் கோவிலுக்குள் தண்ணீர் தேங்கிய நிலையிலும் கடந்த சில தினங்களாக பக்தர்கள் சாமி தரிசனம் செய்ய அனுமதிக்கப்பட்டிருந்த நிலையில், சமீபத்தில் மீண்டும் பெய்த தொடர் மழையின் காரணமாக கோயிலுக்குள் தண்ணீர் மட்டம் மேலும் உயர்ந்தது. தற்போது 3 அடிவரை தண்ணீர் கோயில் முழுவதும் தேங்கியுள்ளது இதனால் கோட்டை கோயிலில் பக்தர்கள் சாமி தரிசனம் செய்ய அனுமதி மறுக்கப்பட்டுள்ளது. மேலும் கோவிலுக்கு சுற்றுலா பயணிகள் வரவும் தடைவிதிக்கப்பட்டுள்ளது. கோட்டை ஜலகண்டேஷ்வரர் ஆலயத்தில் இருந்து மழை நீர் வெளியேறு அகழியில் கலக்கும் கால்வாய் வழியாக அகழி நீர் உள்ளே வருவதாலும், கோவிலுக்குள் உள்ள கிணறு மற்றும் குளத்தில் இருந்து வழியும் நீர் கோவிலில் தேங்குவதாலும் நீரின் மட்டும் குறையாமல் உள்ளது.
வேலூர் கோட்டை ஆங்கிலேயர்கள் கட்டுப்பாட்டில் இருந்த போது நீர்மேலாண்மைக்கு ஏற்றவாறு வடிகால் முறையை மாற்றி அமைத்தனர். கோட்டையின் அகழியில் எப்போதும் தண்ணீர் இருக்கும் வகையில் கோட்டைக்கு எதிரேயுள்ள மலைகளில் இருந்து வரும் நீரை சேமிக்கவும், நீர் மட்டம் உயரும் போது கோட்டையின் கட்டுமானம் பாதிக்காத வகையில் அகழியின் உபரிநீர் பாலாற்றில் சென்று கலக்கும் வகையில் மதகுகளுடன் கூடிய கால்வாய்களை கட்டமைத்திருந்தனர். அகழியில் உயர்ந்துள்ள அதிகப்படியான தண்ணீரால் கோவிலில் தேங்கியுள்ள தண்ணீரை தற்போது வெளியேற்ற முடியாத நிலை ஏற்பட்டுள்ளது. அகழியில் தேங்கியுள்ள தண்ணீரில் 5 அடி அளவுக்கு வெளியேற்ற வேண்டியுள்ளது. இதற்காக, ஆங்கிலேயர்கள் ஆட்சிக்காலத்தில் கட்டப்பட்ட கால்வாயை தூர்வாரி அதன் மூலம் அகழியில் உள்ள உபரி நீரை வெளியேற்றுவதே இதற்கு நிரந்தர தீர்வாகும்.
கோட்டை அகழியின் உபரி நீர் வெளியேறும் கால்வாய், மக்கான் சிக்னல் அருகே சாலைக்கு அடியில் சென்று புதிய மீன் மார்க்கெட் அருகில் உள்ள கால்வாய் வழியாக நிக்கல்சன் கால்வாயுடன் இணைகிறது. தூர்ந்துபோன அந்த கால்வாய் இன்று எக்ஸ்கவேட்டர் இயந்திரம் மூலம் தோண்டப்பட்டது. தொல்லியல் துறை மற்றும் பொதுப்பணித்துறை அதிகாரிகள் கால்வாய் தோண்டும் பணிகளை ஆய்வு செய்தனர். இக்கால்வாய் தோண்டப்பட்டால் அகழியில் உள்ள உபரி நீர் வெளியேறிவிடும். இதன் மூலம் கோவிலில் தண்ணீர் தேங்காமல் தடுக்க முடியும் என அதிகாரிகள் தெரிவித்தனர். மேலும் ஜலகண்டேஸ்வரர் கோவிலில் இருந்து இரண்டு மோட்டார்கள் மூலம் என்று தண்ணீரை வெளியேற்றும் பணியும் நடந்தது.