ரயில் நிலையங்கள் மூன்று வகையாகப் பிரிக்கப்பட்டுள்ளது. அவை புறநகர் ரயில் நிலையங்கள், புறநகர் அல்லாத ரயில் நிலையங்கள்,  நிறுத்த ரயில் நிலையங்கள் (Halt Station) ஆகும். கொரோனா தொற்றுக்கு பிறகு ரயில் போக்குவரத்து ஆரம்பித்தபோது மதுரை கோட்டத்தில் பல்வேறு நிறுத்த ரயில் நிலையங்களில் ரயில்கள் நின்று செல்லும் வசதி அளிக்கப்படவில்லை. தற்போது மே 6 முதல் இந்த ரயில் நிலையங்களில் ரயில்கள் நின்று செல்லும்படி ஏற்பாடு செய்யப்பட்டுள்ளது.  அதன்படி 1) மதுரையிலிருந்து பழனி வழியாக இயக்கப்படும் பழனி - கோயம்புத்தூர் - பழனி சிறப்பு ரயில்கள் மடத்துக்குளம் நிறுத்த ரயில் நிலையத்தில் நின்று செல்லும்.  பழனி - கோயம்புத்தூர் (06462) மற்றும் கோயம்புத்தூர் - பழனி (06463) ரயில்கள் மடத்துக்குளத்தில் இருந்து முறையே காலை 11.00 மணிக்கும் மாலை 03.52 மணிக்கும் புறப்படும்.



2) திருநெல்வேலி - செங்கோட்டை - திருநெல்வேலி சிறப்பு ரயில்கள் காரைக்குறிச்சி, வீரவநல்லூர், கீழாம்பூர், ஆழ்வார்குறிச்சி அகிய நிறுத்த ரயில் நிலையங்களில் நின்று செல்லும். திருநெல்வேலி - செங்கோட்டை ரயில் (06685) காரைக்குறிச்சி, வீரவநல்லூர், கீழாம்பூர், ஆழ்வார்குறிச்சி ஆகிய ரயில் நிலையங்களிலிருந்து முறையே காலை 07.29, 07.34, 08.00, 08.06 மணிக்கு புறப்படும். செங்கோட்டை - திருநெல்வேலி ரயில் (06686) ஆழ்வார்குறிச்சி, கீழாம்பூர், வீரவநல்லூர், காரைக்குறிச்சி ஆகிய ரயில் நிலையங்களில் இருந்து முறையே மாலை 06.43, 06.49, இரவு 07.14, 07.20 மணிக்கு புறப்படும்.



3) திருநெல்வேலி - தூத்துக்குடி - திருநெல்வேலி சிறப்பு ரயில் தூத்துக்குடி மேலூர் நிறுத்த ரயில் நிலையத்தில் நின்று செல்லும். திருநெல்வேலி - தூத்துக்குடி ரயில் (06668) மற்றும் தூத்துக்குடி - திருநெல்வேலி ரயில் (06667) ஆகியவை தூத்துக்குடி மேலூர் ரயில் நிலையத்திலிருந்து முறையை காலை 09.00 மணிக்கும் மாலை 06.07 மணிக்கும் புறப்படும்.
  



4) செங்கோட்டை -  கொல்லம் - செங்கோட்டை சிறப்பு ரயில் எடப்பாளையம், கல்துருத்தி, குரி, குன்டரா கிழக்கு, சந்தன தோப்பு ஆகிய ரயில் நிலையங்களில் நின்று செல்லும். செங்கோட்டை - கொல்லம் ரயில் (06659) எடப்பாளையம், கல்துருத்தி, குரி, குன்டரா கிழக்கு, சந்தன தோப்பு ஆகிய ரயில் நிலையங்களில் இருந்து முறையே மதியம் 12.23, 12.32, 02.03, 02.28, 02.48 மணிக்கு புறப்படும். கொல்லம் செங்கோட்டை ரயில்  (06660) சந்தன தோப்பு, குன்டரா கிழக்கு, குரி,  கல்துருத்தி, எடப்பாளையம் ஆகிய ரயில் நிலையங்களில் இருந்து முறையே காலை 10.35, 10.49, 11.46 மதியம்  12.38, 12.47 மணிக்கு புறப்படும்.