காவல்துறைக்கு கட்டுப்பாட்டு அறை உள்ளது போல ரயில்கள் இயக்கத்திற்கு கட்டுப்பாட்டு துறை உள்ளது. இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை மதுரை கோட்ட அலுவலகத்தில் செயல்படுகிறது. இந்தத் துறைக்கு விடுமுறையே கிடையாது. 365 நாட்களும் 24 மணி நேரமும் ஓய்வில்லாமல் செயல்படுகிறது. சரக்கு மற்றும் பயணிகள் ரயில்கள் இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை மூலமாகவே இயக்கப்படுகிறது.
ரயில் இயக்கம், வர்த்தகம், சமிக்ஞை மற்றும் தொலைத்தொடர்பு, பொறியியல், இயந்திரவியல், மின் பாதை, பாதுகாப்பு துறைகளைச் சேர்ந்த அலுவலர்கள் இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை மூலம் ரயில் இயக்கத்திற்கு பெரிதும் உதவி புரிகிறார்கள். சரக்கு மற்றும் பயணிகள் ரயில்களை இயக்குவதற்கு நேரடியாக நிலைய அதிகாரிகள் உதவிகரமாக இருக்கிறார்கள். கட்டுப்பாட்டுத்துறை ரயில் இயக்க அலுவலர் ரயில்களை இயக்குவதற்கான ஆலோசனைகள் மற்றும் உத்தரவுகளை வழங்குகிறார்.
அதன்படி நிலைய அதிகாரிகள் செயல்படுகிறார்கள். திட்டப்பணிகள், பராமரிப்பு பணிகள் போன்றவை இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை மூலமாக ரயில் போக்குவரத்தை நிறுத்தி அல்லது மாற்றுப்பாதையில் இயங்க வைத்து செயல்படுத்தப்படுகிறது. இதுபோன்ற கட்டுப்பாட்டுத்துறை சென்னை, சேலம், திருச்சி, திருவனந்தபுரம், பாலக்காடு ஆகிய ரயில்வே கோட்டங்களிலும் இயங்கி வருகிறது. இந்தக் கோட்டங்களில் செயல்படும் கட்டுப்பாட்டு துறைகளை கண்காணிக்க சென்னை ரயில்வே தலைமையகத்தில் தலைமை கட்டுப்பாட்டு துறை செயல்பட்டு வருகிறது. அவசர காலங்களில் ரயில்களை தடையின்றி இயக்கிட இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை ஊழியர்கள் மிகுந்த சிரத்தை எடுத்துக் கொள்கிறார்கள். சமீபத்திய மாணவர்கள் போராட்டம் காரணமாக பல்வேறு ரயில்கள் இயக்கம் தடைப்பட்ட போது அதற்காக பல்வேறு மாற்று நடவடிக்கைகளை இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை செயல்படுத்தி வந்தது. ரயில்கள் காலம் தவறாமையை கடைப்பிடிக்க இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை ஊழியர்கள் தெளிவாக திட்டமிடுகிறார்கள்.
ரயில்கள் தங்குதடையின்றி செல்வதும், அதை கண்காணிப்பதும் ரயில்வே கட்டுபாட்டுத்துறை ஊழியர்களின் பொறுப்பாகும். ரயில் இயக்கத்தில் முந்தைய நாள் ஏற்பட்ட பிரச்னைகளுக்கான தீர்வு, அவை மீண்டும் நடைபெறாமல் தவிர்ப்பது, எதிர்வரும் சரக்கு மற்றும் பயணிகள் ரயில்களை கையாள அருகிலுள்ள கோட்டங்கள் மற்றும் தலைமையகத்தின் ஆலோசனை மற்றும் உதவிகளை பெறுதல் இவர்களின் முக்கிய பணியாகும். இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை அலுவலகங்களில் "கிராஃப் சார்ட்" (Graph Chart) போல ஒரு பக்கம் நேரம் மற்றொரு பக்கம் ரயில் நிலைய பெயர்களை எழுதி கோடுகள் வரைந்து ரயில் இயக்கத்தை கட்டுப்படுத்துகிறார்கள். தேஜாஸ் போன்ற முக்கியமான ரயில்களுக்கு பிங்க் கலர், பயணிகள் ரயில்களுக்கு சிவப்பு கலர், சரக்கு ரயில்களுக்கு பச்சை கலர், என்ஜின் தனியாக செல்லும் போது கருப்பு கலர் கோடுகள் வரைந்து ரயில் போக்குவரத்து கண்காணிக்கப்படுகிறது. ஒற்றை ரயில் பாதையில் இந்த கோடுகள் சந்திக்கும் இடங்களில் ஏதாவது ஒரு ரயிலை நிறுத்தி வழி விடுவதற்கு இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை உத்தரவிடும். தற்போது இந்த முறை கணினி மயமாக்கப்பட்டு கட்டுப்பாட்டு அலுவலக மென்பொருள் வாயிலாக செயல்படுகிறது.
இந்த முறையில் பதியப்படும் ரயில் வருகை மற்றும் புறப்பாடு நேரம் பயணிகளுக்கு பல்வேறு செயலிகள் மூலம் உறுதியான தகவலாக வழங்கப்படுகிறது. இந்த கட்டுப்பாட்டு துறை ஊழியர்கள் வேலை நேரம் நடு இரவில் ஆரம்பிப்பது போலவும் முடிவடைவது போலவும் அமையும். எனவே ஊழியர்கள் பல நேரங்களில் அலுவலகத்திலேயே தங்கி பணியாற்றக்கூடிய சூழ்நிலை ஏற்படும். பயணிகள் ரயிலில் இருந்து தவறி விழுவது போன்ற எதிர்பாராத சம்பவங்கள் மேல் நடவடிக்கைக்காக உடனடியாக கட்டுப்பாட்டு துறை ஊழியர்களுக்கு தெரியப்படுத்தப்படுகிறது. ரயில்பாதை விரிசல் ரயில் இன்ஜின் பழுது மின்பாதை பழுது போன்ற நேரங்களில் அவற்றை கட்டுப்பாட்டு துறை ஊழியர்கள் திறமையாக கையாண்டு ரயில் இயக்கத்தை உறுதி செய்கிறார்கள்.