இந்த விவகாரம் தொடர்பாக சுப்ரீம் கோர்ட்டில் முன்பு நடந்த விசாரணையின் போது, அப்போலோ விசாரணை ஆணையத்தின் செயல்பாடுகள், மறைந்த முதல்வர் ஜெயலலிதாவுக்கு சிகிச்சை அளிக்கப்பட்ட போது அளிக்கப்பட்ட சிகிச்சை விவரங்கள், ஆணையத்தின் அதிகாரங்கள் குறித்து விசாரணை ஆணையம் சார்பில் வாதிடப்பட்டது. மேலும், அக்டோபர் 28ம் தேதி நடந்த விசாரணையின் போது, மருத்துவ நிபுணர்கள் குழுவை சேர்க்காததால், ஆணையத்தின் ஒட்டுமொத்த செயல்பாட்டை ரத்து செய்து உத்தரவிட வேண்டும் என்றும் வாதிடப்பட்டது. இதையடுத்து, அப்பல்லோ முன்வைத்த வாதங்களின் விவரங்களைத் தொகுக்க நீதிபதிகள் உத்தரவிட்டனர். அப்பல்லோ சார்பில் உச்ச நீதிமன்றத்தில் ஆவணம் தாக்கல் செய்யப்பட்டது. இந்நிலையில், இந்த வழக்கு வேறு நீதிபதிக்கு மாற்றப்பட்டது. அப்துல் நசீர் மற்றும் கிருஷ்ணா முராரி ஆகியோர் அமர்வில் புதன்கிழமை மீண்டும் விசாரிக்கப்பட்டனர்.
அப்போது, அப்பல்லோ மருத்துவமனையின் தரப்பில் மூத்த வழக்குரைஞர் சி.ஏ. சுந்தரம் ஆஜராகி, "இயற்கை நீதியின் கொள்கை விதிகளை மீறுவதாகவும், பாரபட்சமாகவும் ஆறுமுகசாமி ஆணையத்தின் விசாரணை செயல்பாடுகள் உள்ளன. விசாரணை ஆணையத்துக்கு ஒத்துழைப்பு அளிப்பதில் எந்தத் தயக்கமும் அப்பல்லோ மருத்துவமனை தரப்பில் காட்டவில்லை. மருத்துவமனையில் மறைந்த முதல்வருக்கு அளிக்கப்பட்ட சிகிச்சை குறித்த விவரங்களும் ஆவணங்களாகத் தொகுக்கப்பட்டுள்ளன. ஆனால், சாட்சிகளிடம் நடத்திய விசாரணை முறையும், ஊடகங்களுக்கு விதிகளை மீறும் வகையில் தாமாகவே தகவல்களை அளித்ததும் பாரபட்சமான வகையில் உள்ளது. விசாரணை ஆணையச் சட்டத்தின்படி அதன் செயல்பாடுகள் இல்லை. இதனால், அதன் விசாரணை நடைமுறைகள் ரத்து செய்யப்பட வேண்டும். இந்த அமைப்பு ஒரு உண்மை கண்டறியும் குழுதானே தவிர, தீர்ப்பு வழங்கும் குழு அல்ல' என்றார்.
மேலும், பல்வேறு வழக்குகளில் விசாரணை ஆணையத்துக்கு உள்ள வரம்புகள் குறித்தும், அதன் செயல்பாடுகள் குறித்தும் நீதிபதிகள் அளித்தத் தீர்ப்பை மேற்கோள்காட்டியும் வாதிடப்பட்டது.
தமிழக அரசின் தரப்பில் மூத்த வழக்குரைஞர் துஷ்யந்த் தவே, வழக்குரைஞர் ஜோசப் அரிஸ்டாட்டில் ஆகியோர் ஆஜராகினர். வழக்கு விசாரணையின்போது, துஷ்யந்த் தவே வாதிடுகையில், "ஆறுமுகசாமி ஆணையத்தை முந்தைய அரசு அமைத்த போதிலும் தற்போதைய அரசு அந்த ஆணையத்தின் விசாரணையைத் தொடர்ந்து மேற்கொள்ளவே விரும்புகிறது. மேலும், மனுதாரர் மருத்துக் குழுவை அமைக்க உத்தரவிடக் கோரியிருந்தார். ஆணையத்தைக் கலைக்க வேண்டும் என்று கோரவே இல்லை' என்றார்.
ஆறுமுகசாமி ஆணையத்தின் தரப்பில் ஆஜரான மூத்த வழக்குரைஞர் ரஞ்சித் குமார், "ஆணையத்தின் செயல்பாடுகள் மீது குறை சொல்ல முடியாது. அப்பல்லோ தரப்பில் முன்வைக்கப்பட்ட வாதங்களுக்கு உரிய பதிலைச் சமர்ப்பிக்கத் தயாராக உள்ளேன். அதற்கு நீதிமன்றம் அனுமதி அளிக்க வேண்டும். ஆணையம் அதன் செயல்பாடுகளை உரிய வகையில் செய்துள்ளது' என்றார்.
அப்போது, நீதிபதிகள் அமர்வு, "அனைவரும் அவரவர் தரப்பில் வாதங்களை முன்வைக்கலாம். இறுதியில் இதுகுறித்து முடிவு செய்யப்படும்' என்றனர். இதனிடையே, விசாரணையின்போது, "தமிழகத்தில் அரசு மாறியுள்ள சூழலில் இந்த விவகாரத்தில் அரசுக்கு புதிய யோசனை ஏதும் உள்ளதா என்பதை அறிய விரும்புவதாகவும் நீதிபதிகள் அமர்வு தெரிவித்தது. அப்பல்லோ தரப்பில் தொடர்ந்து வாதத்தை முன்வைக்கும் வகையில் வழக்கு விசாரணையை அடுத்த வாரத்துக்கு நீதிமன்றம் பட்டியலிட்டது.